Что подарить научному руководителю после защиты?

Деньги в такой ситуации действительно почти всегда будут восприняты как неловкость, вы правы, что не рассматриваете этот вариант. В академической среде принято благодарить вещью или жестом внимания, а не суммой.

Хорошо работает что-то связанное с профессией и статусом: качественная ручка или ежедневник, если руководитель ими реально пользуется, книга по его научной области от автора, которого он уважает, или, наоборот, художественная книга, если знаете его вкус за пределами работы. Такой подарок показывает, что вы обращали внимание на человека, а не просто выбрали "что дарят преподавателям".

Если несколько студентов защищались у одного руководителя примерно в одно время, разумно скооперироваться и подарить что-то одно более весомое от всей группы, а не дублировать одинаковые открытки по отдельности. Это и выглядит солиднее, и снимает неловкость выбора для каждого студента поодиночке.

Отдельно всегда работает открытка или письмо с конкретными словами благодарности: упомяните не общие фразы про помощь, а конкретный момент - как руководитель поддержал перед защитой, какую правку или совет вы будете помнить дольше остальных. Такие слова часто ценятся больше самой вещи, особенно у преподавателей с большим стажем, которые повидали много одинаковых типовых подарков.

Цветы уместны почти всегда и не требуют раздумий, но стоит уточнить у деканата или у самого руководителя негласные правила кафедры: где-то не принято дарить преподавателям ничего до официального оформления оценок, чтобы не создавать даже намек на конфликт интересов.